A hatodik fordulóban, a versenykiírás szerint 2016. szeptember 21-én kezdődik a Magyar Kupa 2016–2017-es szezonja az élvonalbeli csapatok, illetve az NB II-es együttesek számára. A 32 klub ekkor még kiemelt lesz – összesen 128 együttes vesz részt a hatodik fordulóban –, így a két legmagasabb osztály együttesei nem kerülhetnek össze – derül ki a Magyar Kupa versenykiírásából.
Szintén a hatodik fordulóval indul a kupa az NB III-as, nem tartalékcsapatok számára is, de esetükben már előfordulhat, hogy saját csoportjukból vagy magasabb osztályból kapnak ellenfelet.
A hetedik és nyolcadik fordulóba jutó NB I-es csapatok szintén kiemeltek lesznek, így a sorozatban először csak a kilencedik körben, a legjobb 16 között kerülhetnek össze az első osztály képviselői.
A nyolcaddöntő (9. forduló), a negyeddöntő és az elődöntő párharcai már két mérkőzésen, oda-visszavágós rendszerben dőlnek el, míg a 2017. május 31-ére, szerdára kiírt döntő ismét egy meccsen dől el – a finálét az ideihez hasonlóan jövőre is a Groupama Arénában rendezik.
