Filip Pajovics 2011 nyarán került a Vidibe az FK Vojvodina csapatától. Első élvonalbeli mérkőzését az előző szezon utolsó bajnokiján, az FTC ellen játszotta, azon kívül még egyszer, ebben az idényben a DVTK ellen lépett pályára az NB I-ben. 2012-ben fél évig már szerepelt Felcsúton, az akkor NB II-es Puskás Akadémia együttesében. A 23 éves hálóőr tavaly augusztusban súlyos fejsérülést szenvedett, azonban az elmúlt hónapokban teljesen felépült, és már százszázalékos állapotban van – írja a www.vidi.hu.
Filip Pajovics 2016. január 12-től nyárig szerepel kölcsönben a Puskás Akadémia FC-ben.